Le Ministère de la Santé est chargé de l'application de la politique du gouvernement en matière de santé, notamment d'élaborer, de mettre en œuvre et de coordonner la politique de santé en assurant et promouvant la bonne santé physique, mentale et sociale des populations. 

Il est compétent en matière de santé publique, de politique pharmaceutique, de surveillance épidémiologique et de veille sanitaire. 

Il conçoit et met en œuvre la politique du gouvernement en matière de couverture sanitaire. 

Il est chargé de l'élaboration, du suivi et de la mise à jour de la carte sanitaire nationale. 

Il définit et contrôle les programmes de formation des personnels de santé et, en particulier, dresse la liste des établissements dont les diplômes donnent droit à l'exercice d'une profession de santé en République de Djibouti. 

Il est chargé du contrôle et de la réglementation de l'exercice des professions de santé ainsi que des pharmacies et des structures de santé privé en collaboration avec le Conseil de l'Ordre National des Professions Médicales. 

Il est chargé des actions de santé prioritaires tant dans le domaine curatif que dans les domaines de la prévention, de la rééducation et de la réadaptation. 

Il exerce la tutelle des établissements médicaux autonomes.